La SFTRF est administrée par un conseil d'administration composé de 18 membres nommés pour une durée de 6 ans : 10 membres représentant les intérêts publics nationaux, 5 membres représentant les collectivités territoriales, et 3 membres représentant les chambres de commerce et d’industrie et les groupements d’intérêts privés.

Deux instances interviennent en appui du conseil d’administration : un comité d’audit qui procède à l’examen et au contrôle des comptes de la société ; une commission consultative des marchés, garante du respect des règles de procédures dans l'attribution des marchés.