La SFTRF est administrée par un conseil d'administration composé de 18 membres nommés pour une durée de 6 ans : 10 membres représentant les intérêts publics nationaux, 5 membres représentant les collectivités territoriales, et 3 membres représentant les chambres de commerce et d’industrie et les groupements d’intérêts privés.

Deux instances interviennent en appui du conseil d’administration : un comité d’audit qui procède à l’examen et au contrôle des comptes de la société ; une commission consultative des marchés, garante du respect des règles de procédures dans l'attribution des marchés.

Le conseil d'administration détermine les orientations de l'activité de la société et veille à leur mise en œuvre.
Il se saisit de toute question intéressant la bonne marche de la société et règle par ses délibérations les affaires qui la concernent.
Il nomme un Président parmi ses membres, ainsi que le directeur général.